Zu diesem Thema liegen umfangreiche wissenschaftliche Studien mit oft traurigen Erkenntnissen vor, was die Zukunft unserer heimischen Fischfauna in Europa, Deutschland und Thüringen betrifft. Der Deutsche Bundestag stellte bereits am 19.10.2011 fest, dass die Süßwasserfische in Europa trotz Verbesserung der Wasserqualität und der Erfolge bei der Renaturierung von Gewässern zu den am stärksten gefährdeten Wirbeltieren gehören.
Nach den Kriterien der IUCN sind 38 Prozent der Süßwasserfischarten Europas gefährdet oder vom Aussterben bedroht.
Regionale, autochthone Bestände einzelner Arten stehen unter besonders hohem Stress. Dies trifft ganz speziell auch für Thüringen zu. Hier sind beginnend ab 2001/02 in vielen Fließgewässern, wie beispielsweise in der Ilm, Gera, Apfelstädt, Helme, Schleuse, Werra oder Ulster die Bestände der Äsche teilweise völlig zusammengebrochen. Ähnliches gilt für den Aal in der Werra, Saale oder Unstrut.
- zu starker Fraßdruck auf die verschiedenen Fischarten unabhängig von ihrem Schutzstatus, Schon- und Laichzeiten sowie Mindestmaßen,
- Dezimierung vieler Fischarten bereits vor dem Erreichen ihrer Laichreife, damit negative Auswirkung auf die Reproduktion und das Fortbestehen vieler Arten,
- Ausdünnung des Klein- und Jungfischbestandes
- Zerstörung der notwendigen Arten- und Altersklassenstruktur in den Fischbeständen,
- Vernichtung autochthoner Fischbestände
- deutliche Abnahme der Weidegänger, wie Barbe und Nase mit dem Ergebnis einer erhöhten organischen Belastung der Gewässer, verbunden mit der Vernichtung von Laichplätzen
- Verringerung der genetischen Vielfalt der Fische in den Gewässern
- Nahrungskonkurrenz gegenüber Raubfischen durch Vernichtung wichtiger Beutefische in den Gewässern – negative Auswirkungen auf das stabile Räuber-Beuteverhältnis
- Belastungen und Energieverluste der Fische durch starke Scheuchwirkungen führt oft nachträglich zum Tod der Fische
- Verletzungen der Fische mit umfangreichen Spätfolgen und Sekundärinfektionen
- Übertragung von Fischkrankheiten in andere Gewässer
- Vernichtung wertvoller Satz- und Speisefische in Teichen und Anlagen der Aquakultur – in Gewässer, welche sich in Naturschutzgebieten befinden, liegen die Fischverluste oft deutlich über 80 %
- deutlicher Rückgang des natürlichen Fischertrages, verbunden mit dem Zusammenbruch von Fischpopulationen sowie Schädigung der Ufervegetation durch Vogelkot